Начало строительства храма было положено в феврале 2003 года. Распоряжением Департамента градостроительства Администрации города Красноярска был выделен земельный участок под строительство храма. В этом же году был создан попечительский совет и фонд содействия строительству храма Рождества Христова г. Красноярска.

Автором проекта храмового комплекса стал архитектор В.И. Ульянов. Проектно-сметная документация была разработана двумя институтами: Красноярскгражданпроект и Красноярсгорпроект.

В марте 2006 года архиепископом Красноярским и Енисейским Антонием был освящен закладный камень на месте строительства храма.

Значительный вклад в строительстве здания храма, административно-хозяйственного корпуса, гаража и благоустройства территории внесли Губернаторы края: Хлопонин А.Г. и Кузнецов Л.В.